NumPy - пакет для операция над массивами (в т.ч. линейная алгебра, преобразования Фурье), содержит много кода С и Фортран, в т.ч. интерфейсы к BLAS, LAPACK
SciPy - более высокоуровневые операции над массивами NumPy: оптимизация, линейная алгебра, интегрирование, интерполяция, преобразование Фурье, ЦОС, обработка изображений, решение систем ОДУ, статистика и т.п.
OpenOpt - украинский пакет для численной оптимизации
FuncDesigner - украинский пакет для численного моделирования, автоматического дифференцирования, решения систем линейных/нелинейных/дифференциальных уравнений